企業価値＝買収金額ですが、企業価値には有利子負債が含まれていると理解しています。 もし買収対象企業の株式が0円でも、有利子負債が100億円の場合、買収価格は100億円になるのでしょうか？負債のある会社を買収するのに買収価格が上がってしまう点がなかなか理解できません。

まず「企業価値＝買収金額」という前提に違和感があります。スキームによって何を買収対象とするかは変わります。 挙げてもらっている例をベースに私なりに回答すると、株式価値ゼロで負債が100億円ある会社に100億円の事業価値がつくケースは少ないと考えます。簿価・時価のどちらでそうなっているケースを想定しているのか分かりませんが、債務超過寸前もしくは実態がそうなっている事業に将来キャッシュフローは期待できないでしょう。事業価値には金融債権者に帰属する価値が含まれますが、その債権金額＋株式価値がそのまま買収対価となるわけではありません。