この度、経理担当になりました。 株高なのもあって数年前から社長がいわゆる財テクで余剰資金により株式売買を頻繁にしているようです。 過去の申告書を見ると、その配当金について所有期間の計算や短期保有株式の計算をしておらず、源泉税の全額を所得税額控除にして、受取配当金を最大限（非支配目的の20％丸々）益金不算入にしているようです。 正確に検証していませんが証券会社のサイトの各月末の保有残高を見る限り誤っている（諸々の計算をすべき）ように思います。 これが顧問税理士の指導等が足りない事が悪いのか、必要な情報を提供していない前任経理や社長ら会社側が悪いのか分かりませんが（一応いわゆる自計化されている形ではあります）、気になった事があります。 株式売買に関して紙の資料として保管されているのは日々の取引明細一覧（同一約定日であれば全銘柄，売却も購入も，普通取引も信用取引も一まとめ）のみでした。（ちなみに本来売却原価は平均法でされるべきでしょうが、普通取引も個別法でされている状態です。一応、基本的に損失を後回しにしている形かつ年度を跨いでいるのは少なそうではありましたが） これが大量にある訳で、税務調査側からして否認等しようとするにせよ、その大量の紙を見て一から計算して正確な金額を出しなおすのは現実的に膨大な作業を要し、かなり大変な気がします。 特に短期保有の方は単に各時点の残高を出すだけでなく、その間の取得数と譲渡数を両建て的に把握する必要がありますよね。 そういう場合って証券会社にデータ提供を要請したり、調査先の企業にWebからデータを取得するよう要請（取得期限が過ぎてたら無理だと思いますが）して対応するものなのでしょうか？

調査官が一から計算し直すことはあまり考えられません。端緒を示して、会社側に再計算させます。証券会社への照会やWebからの出力要請もあり得ます。永久差異なので、単純な期間損益と異なり、少額でも拾いたい項目かと思います。