上司が間違った判断をしている・非効率な指示をしているときは、指摘をしますか？それとも我慢して従いますか？伝えるならどのように伝えますか？

まず最初にですが、ご質問者さんはどのようにして、「上司が間違った判断をしている」もしくは、「非効率な指示をしている」と断定したのでしょうか。単純な計算ミス等であれば、正しい、間違いが簡単に判別可能ですが、そうでない場合は部下から見て間違っていると感じても、上司の視点だと必ずしも間違いとは言えない事象も多く存在します。 上司と部下では持っている情報量や責任範囲が異なり、上司の上司との関係性や組織内の全体的な雰囲気（ポジティブ、ネガティブ）等、部下の目線では見えないことも多いので、「間違っている」「非効率な指示」と断定する前に、上司にそうした判断や指示に至った背景を聞くというアプローチが現実的に実現可能だと考えます。 「間違っている」、「非効率である」とそのまま伝えるのは、良いコミュニケーションとは言えませんし、「部下である私の方が正しいのに我慢して従おう」と思いこむのも正しいとは言えません。 上司がどのような背景で物事を判断しているのかを、その人の癖や傾向も含めて知ることは非常に有用ですので、まずは上司とのコミュニケーションから始めてみて下さい。